APPLESEED er en animéfilm satt til år 2131. Tredje verdenskrig har lagt jorden i ruiner. Den unge soldaten Deunan Knute vet ikke at krigen er slutt og vandrer alene rundt i ingenmannsland. Hun blir overfalt av et kamphelikopter, skutt med bedøvelse og fraktet til byen Olympus. Idet hun kommer til seg selv hører hun stemmen til ekskjæresten, men noe er forandret: Han er ikke lenger menneske. Etter å ha blitt skadet i krigen måtte alle kroppsdelene byttes ut, og med 75 prosent mekaniske deler, er han blitt en kyborg. Den futuristiske byen Olympus er blitt hovedstaden i Den nye verdensordenen, et maktsentrum i verden. Men det er noe som ikke stemmer i den tilsynelatende utopiske byen; halvparten av innbyggerne er biodroids og blir styrt av en kjempedatamaskin kalt Gaia. For å kontrollere Gaia må syv politikere konstant snakke med maskinen for å hindre opprør blant biodroidene. Er Olympus et ideal eller et mareritt, og kan Deunan stole på gamlekjæresten? Hun må legge fortiden bak seg, takle den nye verden, og sist men ikke minst – vinne kampen om menneskeheten.