Regissør Milisuthando Bongela er født i Transkei, en sørafrikansk region som i 1959 ble opprettet av apartheidregimet som et selvstyrt reservat for xhosafolket. På papiret var Transkei en selvstendig republikk, men den ble aldri anerkjent internasjonalt, og i 1994 ble regionen igjen innlemmet i Sør-Afrika. Som barn visste Bongela imidlertid ingenting om apartheid eller det hvite mindretallsstyret som kontrollerte Transkei, og overgangen til Nelson Mandelas demokratiske styre var langt fra bare fryd og gammen. I denne stilsikre og dypt personlige dokumentarfilmen bearbeider Bongela arven etter apartheid med utgangspunkt i sin egen familiehistorie. Selv om apartheidtiden er forbi, har den rasistiske ideologien satt dype spor, og ved hjelp av arkivklipp og samtaler med venner og familie, stiller hun spørsmål det er vanskelig – og i noen tilfeller direkte smertefullt – å besvare. MILISUTHANDO er en kritisk og tankevekkende film om historie, arvesynd, identitet og tilhørighet.