Gjennom tallrike tv-serier har den britiske journalisten og programlederen Louis Theroux portrettert en rekke kuriøse og annerledestenkende miljøer i USA, og i MY SCIENTOLOGY MOVIE gyver han løs på det største av dem alle – Scientologikirken. Den unge religionen er beryktet for sin science fiction-inspirerte skapelsesberetning, men det som først og fremst har gjort den kjent, er dens behandling av sine medlemmer og forfølgelsen den utsetter kritiske røster for.

Det er nettopp dette siste som er tema for John Dowers dokumentar. Ute av stand til å få kirkens overhode David Miscavige i tale, går Theroux og den profilerte avhopperen Marty Rathbun bevisst inn for å provosere organisasjonen til å avsløre sine autoritære tendenser. Ved å late som om de skal spille inn en film om Miscavige og co, erter filmteamet på seg en flokk av medlemmer som fotfølger dem under påskudd av å skulle lage en dokumentar. Denne besynderlige dynamikken gjør MY SCIENTOLOGY MOVIE til et underholdende og tankevekkende supplement til fjorårets GOING CLEAR.