Etter 20 års herjinger og foreløpig 26 millioner dødsfall, er aids i ferd med å bli menneskehetens mest dødbringende epidemi. Det hersker i vitenskapelige kretser enighet om at det HIV-lignende viruset SIV (Simian Immuno-deficiency Virus) fantes hos aper en gang i midten av forrige århundre. Hvordan viruset ble overført til mennesker er imidlertid et mer åpent spørsmål. Da journalisten Edward Hooper i 1999 påpekte en påfallende sammenheng mellom utbredelsen av aids og et vaksineringsprogram utført av vestlige leger for å få bukt med polio i Kongo, skapte det naturlig nok uro innenfor biologisk-vitenskapelige kretser. Hoopers hypotese ble raskt avfeid og hans bevisførsel ble kritisert.

Med bakgrunn i Hoopers hypotese viser regissørene Peter Chappell og Catherine Peix i THE ORIGINS OF AIDS ved hjelp av intervjuer, forskningsrapporter og arkivmateriale hvordan sannheten om aids har blitt aktivt skjult. Leger som lenge har hevdet at cellevev fra sjimpanser ikke ble brukt ved utdelingen av poliovaksiner, innrømmer at de løy, og det tegnes et bilde av en industri der økonomisk vinning og redsel for søksmål blir viktigere enn humanisme.

THE ORIGINS OF AIDS er et grundig innblikk i hvordan en kombinasjon av velment tro på vitenskapens fortreffelighet, unøyaktige laboratoriumsprosedyrer, og forsøk på å skjule sannheten, kan ha forårsaket epidemien. Dokumentaren blir et skremmende innblikk i et forskningsmiljø med tradisjon for ikke å innrømme sine feil, noe som er både vitenskapelig uforsvarlig og etisk foruroligende.